بخش میکروب‌شناسی به شناسایی و بررسی عوامل بیماری‌زا از جمله باکتری‌ها، قارچ‌ها و سایر میکروارگانیسم‌ها در نمونه‌های مختلف بدن می‌پردازد. این آزمایش‌ها نقش مهمی در تشخیص انواع عفونت‌ها، تعیین عامل بیماری و انتخاب مناسب‌ترین روش درمان، به‌ویژه درمان آنتی‌بیوتیکی، دارند.

در این بخش، آزمایش‌هایی مانند کشت و شناسایی میکروارگانیسم‌ها از نمونه‌های خون، ادرار، خلط، ترشحات، زخم و سایر نمونه‌های بالینی، به همراه انجام آنتی‌بیوگرام برای بررسی حساسیت میکروب‌ها به آنتی‌بیوتیک‌ها، با استفاده از روش‌های استاندارد انجام می‌شود. نتایج این آزمایش‌ها در تشخیص دقیق عفونت‌ها، انتخاب درمان مؤثر، پایش روند درمان و پیشگیری از گسترش بیماری‌های عفونی نقش بسزایی دارند.